目前，可再生能源上网电价高于常规能源发电平均上网电价的差额部分，通过在全国范围对销售电量征收可再生能源电价附加筹集。从2006年到目前，我国可再生能源电价附加标准从最初的每千瓦时0.1分钱提高至1.9分钱，但电价附加标准的提高始终滞后于可再生能源发展的需求。到2015年年底，可再生能源补贴资金累计缺口400多亿元。
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这一方面的原因是作为可再生能源补贴重要来源的电价附加，目前征收额度标准不够，即使从每千瓦时1.5分钱提高到1.9分钱，仍无法满足补贴需求。征收标准的每次调整手续繁复，周期很长，还存在很大争议。
另一方面，因为电价附加并不能按时足额征收上来，很多自备电厂用电，还有一些省市都不按要求上缴，导致该收的收不上来。这些问题的长期存在导致了补贴拖欠，尤其是对于光伏电站，因为补贴资金占总电价的70%左右，补贴拖欠已经导致收入不能覆盖本息，近3年建设的这些光伏项目均面临资金链断裂的风险。
同时，现在的补贴方式随着电力体制改革进展，也需要做改变。按照电改的方向，电价会逐步取消政府定价，形成以市场为基础的价格形成机制，现在政府制定的火电标杆电价会逐步取消。因此，目前在火电标杆电价基础上的补贴方式，需要做出相应调整。补贴问题如果不能有效解决，将会影响我国应对气候变化自主承诺减排目标的实现，贻误光伏风电产业发展的大好时机。
结合国际经验和我国的发展形势，落实发电企业在完成减排目标和发展可再生能源方面的义务和责任，建立绿色电力证书交易制度，要求燃煤发电企业，按照实际燃煤发电量购买一定比例的绿色电力证书。这样使可再生能源电力项目通过获得市场电价，中央财政固定补贴加绿色证书交易收入等三部分，来获得合理水平的利润。将来随着技术进步，成本的下降，固定补贴可以将逐步退出。
这种市场化的可再生能源电力补贴方式，不仅是解决补贴资金来源和提高补贴效率的有效办法，并且通过市场化交易，实现优先上网。同时，可以促使企业不断提高管理效率和技术水平。这样才能促进可再生能源的健康持续发展。
