四、水力发电的缺点自然方面：巨大的水库可能引起地表的活动，甚至诱发地震。
此外还会引起流域水文上的改变，如下游水位降低或者来自上游的泥沙减少等，水库建成后，由于蒸发量大，气候凉爽且稳定，降雨量减少。
生物方面：对陆生动物而言，建设水电后，也可能出现泥沙淤积，淹没良田、森林和古迹等文化设施，库区附近可能造成疾病传染，建设大坝还可能影响鱼类的生活和繁衍，库区周围地下水位大大提高会对其边缘的果树、作物生长产生不良影响。
大型水电站建设还可能影响流域的气候，导致干旱或洪水。
特别是大型水库有诱发地震的可能。
因此在地震活动地区兴建大型水电站必须对坝体、坝肩及两岸岩石的抗震能力进行研究和模拟试验，予以充分论证。
这些都是水利开发所要研究的问题。
